Electronic Theses and Dissertation

Kopi merupakan komoditas yang paling banyak diperdagangkan di pasar internasional. Coffea arabica (arabika) dan Coffea canephora (robusta) merupakan spesies utama yang dibudidayakan, khususnya di Indonesia. Salah satu lokasi budidaya kopi arabika dan robusta di Aceh adalah Kebun Percobaan (KP) Gayo Pondok Gajah, Bener Meriah. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis hubungan kekerabatan di antara varietas kopi arabika dan robusta yang dibudidayakan di Kebun Percobaan Gayo berdasarkan gen matK dan rbcL. Tahapan yang dilakukan meliputi ekstraksi DNA genom menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi, amplifikasi gen matK dan rbcL, sekuensing DNA, analisis BLAST, dan analisis filogenetik menggunakan metode Maximum Parsimony. DNA genom yang diekstraksi memiliki konsentrasi antara 33,95-149,65 ng/µL dengan kemurnian 1,7-1,9 pada absorbansi A260/A280. Amplikon gen matK dan rbcL berturut-turut berukuran 856-867 bp dan 566-657 bp. Berdasarkan gen matK, rbcL, dan gabungan matK+rbcL varietas kopi arabika memiliki hubungan kekerabatan yang erat dengan spesies Coffea arabica x Coffea canephora dan Coffea eugenioides dengan jarak genetik 0,001. Sedangkan varietas kopi robusta berkerabat dekat dengan Coffea canephora dengan jarak genetik 0,001-0,005. Gen matK dan rbcL yang digunakan dalam penelitian ini mampu mengungkapkan hubungan kekerabatan di antara spesies kopi arabika dan robusta. Namun kedua gen ini tidak memiliki kemampuan untuk membedakan kopi pada tingkat takson yang lebih rendah, yaitu varietas.

Kata kunci: Kopi, Arabika, Robusta, Filogenetik, matK, rbcL

The most traded commodity on the global market is coffee. The two most commonly grown species, particularly in Indonesia, are Coffea arabica (arabica) and Coffea canephora (robusta). The Gayo Experimental Garden Pondok Gajah, Bener Meriah is one of the places in Aceh where arabica and robusta coffee are grown. This study used the matK and rbcL genes to examine the relationships between the robusta and arabica coffee varieties grown at the Gayo Experimental Garden. The following procedures have been finished: extraction of genomic DNA using the modified CTAB method, matK and rbcL gene amplification, DNA sequencing, BLAST, and phylogenetic analysis using Maximum Parsimony. The concentration of the extracted genomic DNA ranged from 33.95 to 149.65 ng/µL, and its purity at A260/A280 was between 1.7 and 1.9. The amplified gene sequences for matK and rbcL were 856-867 bp and 566-657 bp, respectively. With a genetic distance of 0.001, arabica coffee varieties are closely related to Coffea arabica x Coffea canephora and Coffea eugenioides species based on the matK, rbcL, and combined matK+rbcL genes. On the other hand, robusta coffee varieties share a genetic distance of 0.001-0.005 with Coffea canephora. The matK and rbcL genes used in this study were able to reveal the relationship between arabica and robusta coffee varieties. However, these two genes do not have the ability to distinguish coffee at a lower taxon level, namely varieties. Keywords: Coffee, Arabica, Robusta, Phylogenetic, matK, rbcL