Electronic Theses and Dissertation

Shigella spp. merupakan salah satu jenis bakteri yang sering ditemukan pada air sungai. Shigella spp. termasuk bakteri Gram negatif yang bersifat patogen, sering ditemukan di lingkungan yang terkontaminasi atau tercemar serta dapat bertahan hidup pada lingkungan yang ekstrim seperti saluran pencernaan manusia. Beberapa kelompok bakteri mampu melakukan perpindahan materi genetik secara horizontal menggunakan plasmid. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan integron kelas 1, kelas 2, atau kelas 3 yang terdapat pada DNA plasmid Shigella spp. asal perairan sungai di Banda Aceh. Isolat bakteri Shigella spp. diremajakan pada media Salmonella-Shigella Agar (SSA), isolasi DNA plasmid, pengukuran konsentrasi DNA plasmid menggunakan Nanophotometer, amplifikasi menggunakan PCR, dan elektroforesis gel. Hasil yang diperoleh yaitu peremajaan isolat bakteri Shigella spp. didapatkan 17 isolat yang tumbuh pada media SSA. Hasil pengukuran konsentrasi DNA plasmid didapatkan pada isolat SHKL 1-4, SHKN 3-5, SHKA 1 dan SHKA 6 memiliki nilai rasio absorbansi dalam rentang 1,8 - 2,0 dan pada isolat SHKN 1, SHKN 2, SHKN 6, SHKA 2, SHKA 3, SHKA 7-9 memiliki nilai rasio absorbansi dalam rentang 1,4 - 1,7. Hasil PCR menunjukkan ditemukannya integron kelas 1 pada 10 isolat (58,82%) dari 17 isolat yang diuji, dan tidak ditemukan integron kelas 2 dan 3 pada 17 isolat. DNA plasmid Shigella spp. dikonfirmasi adanya integron kelas 1 dikarenakan digunakannya primer spesifik pada setiap DNA plasmid dan ditemukannya pita DNA pada hasil elektroforesis.

Kata Kunci: DNA plasmid, integron, PCR, Shigella spp..

Shigella spp. is one type of bacteria often found in river water. Shigella spp. are pathogenic Gram-negative bacteria, often found in contaminated or polluted environments and can survive in extreme environments in the human digestive tract. Some groups of bacteria can horizontally transfer genetic material through plasmids. This study aimed to detect the presence of class 1, class 2, or class 3 integrons in the plasmid DNA of Shigella spp. from waters in Banda Aceh. Isolates of Shigella spp. bacteria were re-identified on Salmonella-Shigella Agar (SSA) media, plasmid DNA isolation, measuring plasmid DNA concentration using a Nanophotometer, PCR amplification, and gel electrophoresis. 17 isolates were obtained from the re-identification of Shigella spp. on SSA media. The results of plasmid DNA concentration measurements obtained in isolates SHKL 1-4, SHKN 3-5, SHKA 1 and SHKA 6 have absorbance ratio values in the range of 1.8 to 2.0 and in isolates, SHKN 1, SHKN 2, SHKN 6, SHKA 2, SHKA 3, SHKA 7-9 have absorbance ratio values in the range of 1.4 to 1.7, PCR results showed the presence of class 1 integron in 10 isolates (58.82%) of the 17 isolates tested, and PCR results showed no class 2 and 3 integrons in 17 isolates. Shigella spp. plasmid DNA confirmed the presence of class 1 integrons due to the use of specific primers on each plasmid DNA and the discovery of DNA bands on electrophoresis results. Keywords: integrons, PCR, plasmid DNA, Shigella spp..