Electronic Theses and Dissertation

Pengujian in silico terhadap protein target menggunakan Molecular Docking dengan tanaman atau spesies tanaman obat. Tanaman obat menyimpan kekayaan hayati yang berpotensi besar untuk pengembangan obat-obatan alami. Penelitian ini secara khusus meneliti potensi tanaman Centella asiatica L. dan Lansium domesticum Corr. dalam melawan berbagai penyakit diantaranya hepatitis, HIV, TBC, kanker payudara dan kanker kulit. Analisis in silico digunakan untuk memprediksi aktivitas biologis senyawa tanaman terhadap protein target penyakit. Senyawa aktif dari tumbuhan yang diteliti diambil dari database KNApSAcK. Struktur tiga dimensi (3D) dari senyawa ini kemudian diperoleh dari PubChem. Selanjutnya, struktur protein target juga diambil dari Protein Data Bank (PDB). Kedua struktur ini kemudian dipreparasi menggunakan Software BIOVIA Discovery Visualizer 2021. Setelah dipreparasi, senyawa diuji Lipinski’s Rule of Five (RO5) melalui website SWISSADME. Tahap akhir adalah melakukan Molecular Docking menggunakan Aplikasi PyRx untuk melihat nilai Binding Affinity nya dan interaksi antara ligan uji dan protein target penyakit hepatitis, HIV, TBC, kanker payudara dan kanker kulit. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat 32 senyawa metabolit sekunder spesies Centella asiatica (L.) dari famili Apiaceae dan 23 senyawa metabolit sekunder spesies Lansium domesticum Corr. dari famili Meliaceae yang diperoleh dari database KNApSAcK. Hasil pengujian Lipinski’s Rule of Five (RO5) pada spesies Centella asiatica (L.) diperoleh 13 senyawa dan 4 senyawa aktif untuk spesies Lansium domesticum Corr. Hasil Molecular Docking pada spesies Centella asiatica (L.) yang memiliki nilai Binding Affinity paling baik dan berpotensi memiliki interaksi positif dengan protein target sebagai daya hambat penyakit adalah 3 senyawa untuk penyakit hepatitis, 1 senyawa yaitu 3-O-beta-D-Glucopyranosyl sitosterol untuk HIV, 2 senyawa untuk TBC dan kanker payudara serta 1 senyawa yaitu Quercetin dapat menghambat penyakit kanker kulit. Sebanyak 2 senyawa aktif pada spesies Lansium domesticum Corr. dari Famili Meliaceae dapat menghambat penyakit hepatitis dan TBC diantaranya Domesticulide A, 1 senyawa yaitu Azadiradione untuk kanker payudara dan sebaliknya tidak ada satupun senyawa yang positif dapat menghambat penyakit HIV dan Kanker kulit.




Kata kunci: Centella asiatica (L.), Lansium domesticum Corr. Apiaceace, Meliaceae, Hepatitis, HIV, TBC, Kanker Kulit, Kanker Payudara, In Silico, Molecular Docking

In silico testing of target proteins using Molecular Docking with plants or species in medicinal plants. Medicinal plants holds biological wealth that has great potential for the development of natural medicines. This research specifically examines the potential of Centella asiatica L. and Lansium domesticum Corr. plants in fighting various diseases including hepatitis, HIV, tuberculosis, breast cancer and skin cancer. In silico analysis was used to predict the biological activity of plant compounds against disease target proteins. The active compounds of the plants studied were retrieved from the KNApSAcK database. The three dimentions (3D) structures of these compounds were then obtained from PubChem. Furthermore, the structure of the target protein was also taken from the Protein Data Bank (PDB). Both structures were then prepared using BIOVIA Discovery Visualizer 2021 software. After preparation, the compound was tested for Lipinski's Rule of Five (RO5) through the SWISSADME website. The final stage is to perform Molecular Docking using the PyRx Application to see the Binding Affinity value and the interaction between the test ligand and the target proteins of hepatitis, HIV, tuberculosis, breast cancer and skin cancer. The results of this study indicate that there are 32 secondary metabolite compounds of Centella asiatica (L.) species from Apiaceae family and 23 secondary metabolite compounds of Lansium domesticum Corr. species from Meliaceae family obtained from KNApSAcK database. Lipinski's Rule of Five (RO5) test results on Centella asiatica (L.) sepsies obtained 13 compounds and 4 active compounds for Lansium domesticum Corr. species. Molecular Docking results on Centella asiatica (L.) species that have the best Binding Affinity value and have the potential to have positive interactions with target proteins as disease inhibition are 3 compounds for hepatitis, 1 compound namely 3-O-beta-D-Glucopyranosyl sitosterol for HIV, 2 compounds for tuberculosis and breast cancer and 1 compound namely Quercetin can inhibit skin cancer. A total of 2 active compounds in the species Lansium domesticum Corr. from the Meliaceae family can inhibit hepatitis and tuberculosis including Domesticulide A, 1 compound namely Azadiradione for breast cancer and otherwise none of the compounds that are positive can inhibit HIV and skin cancer. Keywords: Centella asiatica (L.), Lansium domesticum Corr. Apiaceae, Meliaceae, Hepatitis, HIV, TB, Skin Cancer, Breast Cancer, In Silico, Molecular Docking